Preşedintele Klaus Iohannis a semnat miercuri decretul de trecere în rezervă a generalului cu patru stele Botoş Ilie din Ministerul Apărării Naţionale la data de 15 octombrie 2016, a anunțat Administraţia Prezidențială.
Botoş a plecat funcţia de secretar de stat în Ministerul Afacerilor Interne în decembrie 2015. A deținut această funcție și în mandatul lui Gabriel Oprea, după cea de secretar de stat la Cancelaria prim-ministrului Victor Ponta.
În 2 august 2012, Ilie Botoş a fost numit şef al Direcţiei Generale de Informaţii a Apărării (DGIA), de către ministrul Apărării de atunci, Corneliu Dobriţoiu. Ilie Botoş deţinuse funcţia de adjunct al directorului general al DGIA, generalul Gheorghe Savu.
În iulie 2006, Botoş şi-a dat demisia din funcţia de procuror general al României, după fuga din România a lui Omar Hayssam.
A fost înaintat în grad de Traian Băsescu în decembrie 2014.